換熱器在長時間換熱過程中，會產生污垢，導致換熱器被堵塞，當然換熱效率也是會降低的，因此也就沒有了原有的換熱效果了。
長時間的水垢塞，導致換熱工況惡化，換熱器的傳熱面超過額定溫度或者局部過熱，可能引發換熱器裂紋爆管，引發事故。所用能耗增加，達不到節能的效果。污垢積聚威脅到換熱器的安全運行，并且縮短換熱器的使用年限，使得換熱器面臨設備停機、維修，嚴重者就需要報廢原來的換熱器更換新設備使用。
板式換熱器在使用過程中。由于水處理設備運行不當。水質控制不達標，將不合格的軟化水注入供熱系統中，使水中的鈣、鎂、碳酸鹽遇熱后分解為碳酸鈣和氫氧化鎂沉淀物黏結在換熱器的受熱面上，形成了堅硬的水垢。由于水垢的導熱性能差，造成了換熱器換熱效率的降低以及熱能的嚴重浪費。從而影響了供熱的效果，給供熱單位造成了嚴重的負面影響。
換熱器未及時清洗，水中的垢質過濾不完全，導致出水口出的水未過濾完全，直接供到用戶。一般生活熱水機組，基本都是用來洗澡的，未經完全過濾的水長期與皮膚接觸，會對人身體產生不好的結果，影響人的身體健康。
防止板式換熱器結垢的措施，運行中嚴把水質關，必須對系統中的水和軟化罐中的軟化水進行嚴格的水質化驗，合格后才能注人管網中。新的系統投運時，應將換熱器與供熱系統分開，進行一段時間的循環后，再將換熱器并人系統中。以避免管網中雜質進入換熱器。在供熱系統中，除污器和過濾器應當進行不定期的清理外，還應當保持管網中的清潔，以防止換熱器堵塞。